De Qom, ville sainte du chiisme, Khomeiny provoque le Chah le 3 mai 1963. Il est arrêté. Suivent trois jours d'émeutes, les 15, 16 et 17 juin, 75 victimes, 400 arrestations et un constat: l'alliance “du rouge et du noir”, une minorité religieuse active et fanatisée avec les réseaux clandestins du Toudeh, le parti communiste iranien. Pour éviter la peine de mort à Khomeiny, des ayatollahs lui accordent le titre de docteur de la loi faisant de lui un ayatollah. Libéré, il récidive en 1964 et s'installe en Irak.
Ces oppositions, le Chah les connaît. Elles le préoccupent. Il lance un appel aux intellectuels pour qu'ils en discutent en toute liberté. En avril 1973 se réunit le “Groupe d'études sur les problèmes iraniens”, composé de personnalités indépendantes. En juillet 1974, un rapport est remis au Chah qui l'annote, puis le transmet à Amir Abbas Hoveida, son Premier ministre. «Sire, lui répond-il, ces intellectuels n'ont rien trouvé de mieux pour gâcher vos vacances. N'y faites pas attention, ce sont des bavardages. » En fait, il s'agit d'un inventaire sans complaisance de l'état du pays complété de mesures correctives avec cet avertissement : si elles ne sont pas prises au plus vite, une crise très grave pourrait éclater. Cinq mois plus tard, le chef de l'état-major général des forces armées remet à son tour un rapport confidentiel et aussi alarmant que celui des intellectuels : l'armée résistera à une agression extérieure mais un grave malaise interne peut mettre en danger la sécurité nationale.
Ces deux avertissements venus du cœur même du régime restent lettre morte. Un nouveau parti officiel créé en 1975, un nouveau Premier ministre nommé en août 1977 ne changent rien : les ministres valsent, les fonctionnaires cherchent un second emploi, le bazar de Téhéran gronde. Or dès l'année 1976, le Chah sent que la maladie ronge son avenir. « Six à huit ans », lui a dit le professeur français Jean Bernard. C'est un homme fatigué qui affronte la montée de la violence révolutionnaire dans son pays.